1、水性涂料樹脂設備的樹脂對施工過程中及材質表面清潔度要求高，因水的表面張力大，污物易使涂膜產生縮孔。
       2、水性涂料樹脂設備的樹脂對抗強機械作用力的分散穩定性差，輸送管道內的流速急劇變化時，分散微粒被壓縮成固態微粒，使涂膜產生麻點。要求輸送管道形狀良好，管壁無缺陷。　　
       3、水性涂料樹脂設備的樹脂對涂裝設備腐蝕性大，需采用防腐蝕襯里或不銹鋼材料，設備造價高。水性涂料對輸送管道的腐蝕，金屬溶解，使分散微粒析出，涂膜產生麻點，也需采用不銹鋼管。　　
       4、烘烤型水性涂料對施工環境條件（溫度、濕度）要求較嚴格，增加了調溫調濕設備的投入，同時也增大了能耗。　　
       5、水性涂料樹脂設備的樹脂水的蒸發潛熱大，烘烤能量消耗大。陰極電泳涂料需在180℃烘烤；而乳膠涂料完全干透的時間則很長。　
       6、水性涂料樹脂設備的樹脂沸點高的有機助溶劑等在烘烤時產生很多油煙，凝結后滴于涂膜表面影響外觀。　　
       7、水性涂料樹脂設備的樹脂存在耐水性差的問題，使涂料和槽液的穩定性差，涂膜的耐水性差。水性涂料的介質一般都在微堿性（ph7.5～ph8.5），樹脂中的酯鍵易水解而使分子鏈降解，影響涂料和槽液穩定性，及涂膜的性能。水性涂料雖然存在諸多問題，但通過配方及涂裝工藝和設備等幾方面技術的不斷提高，有些問題在工藝上得到防止，有些通過配方本身得到改善和提高。